Dmitry Belyavsky (beldmit) wrote,
Dmitry Belyavsky
beldmit

Categories:

Про оценку количества бесимптомных

Перенесу сюда текст Ильи Космодемьянского из комментариев в Фейсбуке. Это на тему того, сколько же бессимптомных и как их оценивать.

Это ответ на вот это изложение теоремы Байеса применительно к вероятностям ошибки первого и второго рода существующих тестов на коронавирус.

Смотри, точность PCR тестов для понимания популяционного иммунитета и процента бессимптомных носителей она в случае с covid-19 вообще параллельна.

Применительно к данному вирусу мы говорим о двух типах тестов, RT-PCR и серологические тесты (то что в народе называется тестом на антитела). Нужны оба типа - первый тип показывает что в дыхательных путях (в горле) начал размножаться вирус, Второй показывает наличие имунного ответа. Антитела начинают вырабатываться с задержкой, и потом некоторое время имеются в организме, вирус в относительно верхних дыхательных путях выделяется недолго в начале болезни. Поэтому для изначальной диагностики применяют pcr, для изучения бессимптомности и популяционного иммунитета - тесты на антитела.

Точность pcr основана на собсно чувствиетльности pcr (сколько материала нужно с данными праймерами, реактиваим и оборудованием чтобы поднять сигнал), качестве отбора образца (это не самая простая врачебная манипуляция), качества выделения рнк (для того в нормальных тестах есть контроль). Эти проблемы точности достаточно хорошо решены методически (повторные тесты, контроли и тп). При этом некая неточность сораняется, но там речь о ложно-отрицательных результатах а не о ложнположительных.

С точностью серологическиз тестов все сложнее. Как правило это ELISA c IgG, IgG это тип антител, который широко применятеся в диагностике, тк их много в крови, они относительно долго держатся и тп. Проблема с тестом, что у человека есть еще как минимум 4 "обычных простудных" коронавируса и сейчас весна много где где делают такие тесты - тест не специфичен к covid-19 и показывает антитела к остальным коронавирусам, ложнопозитивность там может быть очень высокая.

В методически верных работах, эпидимиологи борятся с данной проблемой двумя основными способами, точнее их комбинацией. Сравнивают выборки людей кто достоверно имел диагноз на основании pcr, их контактов и тех кто не имел такого диагноза - дальше байес в помощь. А так же ставят контроли положительных по элайзе проб - на клеточной культуре с конкретными вирусами нейтрализуют антитела и смотрят нейтрализовались ли. Это уменьшает процент ложноположительных тестов но не на 100% - кросснейтрализация антител на культуре между разными коронавирусами высока.

Важным моментом так же является трудоемкость таких исследований и сложность масштабирования - просто pcr и элайзу тебе на потоке делают в куче диагностических лаб, а контроли с вирусом могут делать только в ряде научных центров специально обученные люди в специально оборудованных лабах.
Поэтому пока что опубликованные и растащенные журналистами препринты про 10-20-40-70-100-146 процентов бессимптомных носителей это как правило методически неаккуратная лажа, разумные исследования такой эпидемиологии (как это уже сделано было про MERS) требуют времени и трудозатрат и потому пока не опубликованы.

This entry was originally posted at https://beldmit.dreamwidth.org/911174.html. Your comment? (comment count unavailable comments)
Tags: коронавирус
Subscribe

  • OMIGOD — уязвимости Azure Open Management Infrastructure (OMI)

    Блог об информационной безопасности уже некоторое время как не веду, но не могу молчать. Azure устанавливала своего управляющего агента на…

  • До чего техника дошла

    Узнал про существование устройств , которые используют домашнюю проводку в качестве сетевого кабеля. Ну то есть про такое я слышал в своё время в…

  • Первосентябрьское

    Вынесу сколько-то срача из фейсбука В начале был пост Александра Пиперски: Учебник русского языка для 6-го класса, случайно открывшийся разворот.…

  • Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

  • 10 comments

  • OMIGOD — уязвимости Azure Open Management Infrastructure (OMI)

    Блог об информационной безопасности уже некоторое время как не веду, но не могу молчать. Azure устанавливала своего управляющего агента на…

  • До чего техника дошла

    Узнал про существование устройств , которые используют домашнюю проводку в качестве сетевого кабеля. Ну то есть про такое я слышал в своё время в…

  • Первосентябрьское

    Вынесу сколько-то срача из фейсбука В начале был пост Александра Пиперски: Учебник русского языка для 6-го класса, случайно открывшийся разворот.…